| Library | Tag (Other Genes) | Normalized Count | % in library |
| P8 Cb GC | AAAAAAAAAA (2) AATTAAAAAA AATTAAAAAC (8) AATTAAAGAC (2) AATTTAAAAC (3) GAAAAAAAAA (2) GTGGAACAAA TAAAAAAAAA (3) TTAAAAAAAA (2) TTGGTGGAAG
| 334.5 | 0.3345 |
| Cb medulloblastoma | AAAAAAAAAA (2) AATTAAAAAA AATTAAAACA AATTAAAGAC (2) AATTTAAAAC (3) GAAAAAAAAA (2) GTGGAACAAA TAAAAAAAAA (3) TTAAAAAAAA (2) TTGGTGGAAG
| 1181.6 | 1.1816 |
| P8 GC+1d culture | AAAAAAAAAA (2) AATTAAAAAA AATTAAAAAC (8) AATTAAAGAC (2) AATTTAAAAC (3) GAAAAAAAAA (2) GTGGAACAAA TAAAAAAAAA (3) TTAAAAAAAA (2) TTGGTGGAAG
| 365.1 | 0.3651 |
| P8 GC+SHH+1d culture | AAAAAAAAAA (2) AATTAAAAAA AATTAAAAAC (8) AATTAAAGAC (2) GAAAAAAAAA (2) GCTCACTGGA TAAAAAAAAA (3) TTAAAAAAAA (2) TTGGTGGAAG
| 501.3 | 0.5013 |
| 3T3 fibroblasts | AAAAAAAAAA (2) TAAAAAAAAA (3) TTGGTGGAAG
| 38.5 | 0.0385 |
| E15 cortex | AAAAAAAAAA (2) GAAAAAAAAA (2) TAAAAAAAAA (3) TTAAAAAAAA (2)
| 282 | 0.282 |
| P1 cortex | AAAAAAAAAA (2) GAAAAAAAAA (2) TAAAAAAAAA (3) TTAAAAAAAA (2) TTGGTGGAAG
| 359 | 0.359 |
| Hypothalamus | AAAAAAAAAA (2) AATTAAAAAC (8) AATTAAAACA AATTAAAGAC (2) GAAAAAAAAA (2) GTGGAACAAA TAAAAAAAAA (3) TTAAAAAAAA (2) TTGGTGGAAG
| 257.1 | 0.2571 |
| E12.5 retina | AAAAAAAAAA (2) AATTAAAAAC (8) AATTAAAGAC (2) GAAAAAAAAA (2) TAAAAAAAAA (3) TTAAAAAAAA (2) TTGGTGGAAG
| 227.2 | 0.2272 |
| E14.5 retina | AAAAAAAAAA (2) AATTAAAAAC (8) AATTAAAACA AATTAAAGAC (2) GAAAAAAAAA (2) GCTCACTGGA TAAAAAAAAA (3) TTAAAAAAAA (2) TTGGTGGAAG
| 203.9 | 0.2039 |
| E16.5 retina | AAAAAAAAAA (2) AATTAAAAAA AATTAAAAAC (8) AATTAAAGAC (2) GAAAAAAAAA (2) TAAAAAAAAA (3) TTAAAAAAAA (2)
| 117.6 | 0.1176 |
| E18.5 retina | AAAAAAAAAA (2) AAATTAAAAA (2) AATTAAAGAC (2) GAAAAAAAAA (2) TAAAAAAAAA (3) TTAAAAAAAA (2)
| 603.8 | 0.6038 |
| P0.5 retina | AAAAAAAAAA (2) AATTAAAGAC (2) GAAAAAAAAA (2) TAAAAAAAAA (3) TTAAAAAAAA (2) TTGGTGGAAG
| 212.1 | 0.2121 |
| P2.5 retina | AAAAAAAAAA (2) AATTAAAAAC (8) GAAAAAAAAA (2) GCTCACTGGA TAAAAAAAAA (3) TTAAAAAAAA (2)
| 531.6 | 0.5316 |
| P4.5 retina | AAAAAAAAAA (2) AAATTAAAAA (2) AATTAAAAAC (8) AATTAAAGAC (2) GAAAAAAAAA (2) TAAAAAAAAA (3) TTAAAAAAAA (2) TTGGTGGAAG
| 517.1 | 0.5171 |
| P6.5 retina | AAAAAAAAAA (2) AAATTAAAAA (2) AATTAAAACA AATTAAAGAC (2) AATTTAAAAC (3) GAAAAAAAAA (2) GCTCACTGGA TAAAAAAAAA (3) TTAAAAAAAA (2) TTGGTGGAAG
| 397.1 | 0.3971 |
| P10.5 crx- retina | AAAAAAAAAA (2) AATTAAAAAC (8) AATTAAAGAC (2) AATTTAAAAC (3) GAAAAAAAAA (2) TAAAAAAAAA (3) TTAAAAAAAA (2)
| 96.7 | 0.0967 |
| P10.5 crx+ retina | AAAAAAAAAA (2) AATTTAAAAC (3) GAAAAAAAAA (2) TAAAAAAAAA (3) TTAAAAAAAA (2) TTGGTGGAAG
| 180.8 | 0.1808 |
| Adult retinal | AAAAAAAAAA (2) AAATTAAAAA (2) AATTTAAAAC (3) GAAAAAAAAA (2) GTGGAACAAA TAAAAAAAAA (3) TTAAAAAAAA (2)
| 105.7 | 0.1057 |
| ONL | AAAAAAAAAA (2) AAATTAAAAA (2) AATTAAAAAA AATTAAAAAC (8) GAAAAAAAAA (2) TAAAAAAAAA (3) TTAAAAAAAA (2) TTGGTGGAAG
| 176.1 | 0.1761 |