Mouse Retina SAGE Library

[Home]    [Libraries]    [Images]

---

Gene:              Accession:     e.g., Rho or Rhodopsin e.g., BG297543 batch search Tag:        Cytoband (Mm):     e.g., CCCAGTTCAC e.g., 6 E3 Unigene:        Cytoband (Hs):     e.g., Mm.2965 batch search e.g., 3q21-q24

---

UniGene	Symbol	Name	Chr	Cytoband	LocusLink
Mm.4419	Rpl5	ribosomal protein L5	5	5 58.5 cM	19983
Gene Ontology	5S rRNA binding | cytosolic ribosome (sensu Eukarya) | intracellular | protein biosynthesis | ribosome | ribosome biogenesis | rRNA binding | structural constituent of ribosome
Human Homolog	RPL5[ribosomal protein L5]
Clusters	All Libraries - Raw DataAll Libraries - NormalizedComplete Retina - Raw DataComplete Retina - NormalizedEarly Retina - Raw DataEarly Retina - NormalizedLate Retina - Raw DataLate Retina - Normalized   Neighbors

No In Situ Hybridization images could be found.



SAGE Tags

Total 175 tags found with positive counts.

all tags     reliable tags     sum by library with all tags     sum by library with reliable tags    Library   Tag (Other Genes)   Normalized Count   % in library  P8 Cb GC CTGCTATCCG (4) 88.1 0.0881 P8 Cb GC CTGCAGCCTA (6) 16.3 0.0163 P8 Cb GC ATGTGCTTCC (2) 4.9 0.0049 P8 Cb GC ACAAATTATG (5) 3.3 0.0033 P8 Cb GC GACAAGATCT (5) 3.3 0.0033 P8 Cb GC AACCTTCAAA 1.6 0.0016 P8 Cb GC AGAAGAAGCC (2) 1.6 0.0016 P8 Cb GC AGCTTTCTTA (2) 1.6 0.0016 P8 Cb GC ATGGAGGAGA (5) 1.6 0.0016 P8 Cb GC CACCCACCAA (5) 1.6 0.0016 P8 Cb GC CGCTACCTAA 1.6 0.0016 P8 Cb GC TCTGGAGTTA 1.6 0.0016 P8 Cb GC TGCATATGCT (2) 1.6 0.0016 P8 Cb GC TTCCACACTC (3) 1.6 0.0016 P8 Cb GC TTGAAATGAA (3) 1.6 0.0016 P8 Cb GC TTTAAAAAAG 1.6 0.0016 Cb medulloblastoma CTGCTATCCG (4) 30.1 0.0301 Cb medulloblastoma CTGCAGCCTA (6) 13.9 0.0139 Cb medulloblastoma ACAAATTATG (5) 11.6 0.0116 Cb medulloblastoma GTGACCCTGG (9) 2.3 0.0023 P8 GC+1d culture CTGCTATCCG (4) 67.4 0.0674 P8 GC+1d culture CTGCAGCCTA (6) 9.1 0.0091 P8 GC+1d culture TGCATATGCT (2) 9.1 0.0091 P8 GC+1d culture ACAAATTATG (5) 8 0.008 P8 GC+1d culture ATGTGCTTCC (2) 3.4 0.0034 P8 GC+1d culture CACCCACCAA (5) 3.4 0.0034 P8 GC+1d culture GTAACCAAAA (4) 2.3 0.0023 P8 GC+1d culture AGCTTTCTTA (2) 1.1 0.0011 P8 GC+1d culture CGCCACCAAT (3) 1.1 0.0011 P8 GC+1d culture CGCTACCTAA 1.1 0.0011 P8 GC+1d culture GACAAGATCT (5) 1.1 0.0011 P8 GC+1d culture GTGACCCTGG (9) 1.1 0.0011 P8 GC+1d culture TTGCTATCCG 1.1 0.0011 P8 GC+SHH+1d culture CTGCTATCCG (4) 74.9 0.0749 P8 GC+SHH+1d culture CTGCAGCCTA (6) 16.4 0.0164 P8 GC+SHH+1d culture ACAAATTATG (5) 10.5 0.0105 P8 GC+SHH+1d culture TGCATATGCT (2) 8.2 0.0082 P8 GC+SHH+1d culture ATGTGCTTCC (2) 4.7 0.0047 P8 GC+SHH+1d culture CACCCACCAA (5) 2.3 0.0023 P8 GC+SHH+1d culture GTAACCAAAA (4) 2.3 0.0023 P8 GC+SHH+1d culture GTGACCCTGG (9) 2.3 0.0023 P8 GC+SHH+1d culture ATGGAGGAGA (5) 1.2 0.0012 P8 GC+SHH+1d culture CGCCACCAAT (3) 1.2 0.0012 P8 GC+SHH+1d culture GGGTACTATG (2) 1.2 0.0012 P8 GC+SHH+1d culture GTAATAAATG (4) 1.2 0.0012 3T3 fibroblasts CTGCTATCCG (4) 80.6 0.0806 3T3 fibroblasts TGCATATGCT (2) 21 0.021 3T3 fibroblasts CTGCAGCCTA (6) 17.5 0.0175 3T3 fibroblasts ATGTGCTTCC (2) 3.5 0.0035 3T3 fibroblasts GTAACCAAAA (4) 3.5 0.0035 3T3 fibroblasts TTGCTATCCG 3.5 0.0035 E15 cortex CTGCTATCCG (4) 84.1 0.0841 E15 cortex TGCATATGCT (2) 4.9 0.0049 E15 cortex TTGCTATCCG 4.9 0.0049 P1 cortex CTGCTATCCG (4) 40.9 0.0409 P1 cortex TACCATAAAA (5) 9.1 0.0091 P1 cortex ACAAATTATG (5) 4.5 0.0045 P1 cortex TGCATATGCT (2) 4.5 0.0045 Hypothalamus CTGCAGCCTA (6) 21.7 0.0217 Hypothalamus CTGCTATCCG (4) 21.7 0.0217 Hypothalamus ACAAATTATG (5) 9.1 0.0091 Hypothalamus GTAACCAAAA (4) 5.4 0.0054 Hypothalamus ATGTGCTTCC (2) 3.6 0.0036 Hypothalamus CACCCACCAA (5) 3.6 0.0036 Hypothalamus TCTGGAGTTA 3.6 0.0036 Hypothalamus TGCATATGCT (2) 3.6 0.0036 Hypothalamus GGGTACTATG (2) 1.8 0.0018 Hypothalamus TTCCACACTC (3) 1.8 0.0018 Hypothalamus TTGAAATGAA (3) 1.8 0.0018 Hypothalamus TTTAAAAAAG 1.8 0.0018 E12.5 retina CTGCTATCCG (4) 125.8 0.1258 E12.5 retina CTGCAGCCTA (6) 11.3 0.0113 E12.5 retina ACAAATTATG (5) 9.4 0.0094 E12.5 retina CACCCACCAA (5) 3.8 0.0038 E12.5 retina GTAACCAAAA (4) 3.8 0.0038 E12.5 retina ATGTGCTTCC (2) 1.9 0.0019 E12.5 retina GGGTACTATG (2) 1.9 0.0019 E12.5 retina TGCATATGCT (2) 1.9 0.0019 E12.5 retina TTGAAATGAA (3) 1.9 0.0019 E14.5 retina CTGCTATCCG (4) 58.3 0.0583 E14.5 retina ACAAATTATG (5) 9.1 0.0091 E14.5 retina CTGCAGCCTA (6) 7.3 0.0073 E14.5 retina TGCATATGCT (2) 5.5 0.0055 E14.5 retina ATGTGCTTCC (2) 3.6 0.0036 E14.5 retina CACCCACCAA (5) 3.6 0.0036 E14.5 retina GACAAGATCT (5) 3.6 0.0036 E14.5 retina AACTTTCAAA (3) 1.8 0.0018 E14.5 retina AGCTTTCTTA (2) 1.8 0.0018 E14.5 retina CGCTACCTAA 1.8 0.0018 E14.5 retina GTAATAAATG (4) 1.8 0.0018 E14.5 retina TCTGGAGTTA 1.8 0.0018 E14.5 retina TTCCACACTC (3) 1.8 0.0018 E16.5 retina CTGCTATCCG (4) 67 0.067 E16.5 retina CTGCAGCCTA (6) 21.7 0.0217 E16.5 retina ATGTGCTTCC (2) 9.1 0.0091 E16.5 retina TCTGGAGTTA 7.2 0.0072 E16.5 retina TGCATATGCT (2) 5.4 0.0054 E16.5 retina ACAAATTATG (5) 3.6 0.0036 E16.5 retina AGCTTTCTTA (2) 3.6 0.0036 E16.5 retina CACCCACCAA (5) 3.6 0.0036 E16.5 retina TACCATAAAA (5) 3.6 0.0036 E16.5 retina AGAAGAAGCC (2) 1.8 0.0018 E16.5 retina CGCCACCAAT (3) 1.8 0.0018 E16.5 retina GACAAGATCT (5) 1.8 0.0018 E16.5 retina GTAACCAAAA (4) 1.8 0.0018 E18.5 retina CTGCTATCCG (4) 60 0.06 E18.5 retina CTGCAGCCTA (6) 34.6 0.0346 E18.5 retina ACAAATTATG (5) 12.7 0.0127 E18.5 retina ATGTGCTTCC (2) 3.6 0.0036 E18.5 retina AACCTTCAAA 1.8 0.0018 E18.5 retina GACAAGATCT (5) 1.8 0.0018 E18.5 retina GTGACCCTGG (9) 1.8 0.0018 E18.5 retina TCTGGAGTTA 1.8 0.0018 E18.5 retina TGCATATGCT (2) 1.8 0.0018 P0.5 retina CTGCTATCCG (4) 111.9 0.1119 P0.5 retina ACAAATTATG (5) 11.8 0.0118 P0.5 retina CTGCAGCCTA (6) 7.9 0.0079 P0.5 retina CACCCACCAA (5) 5.9 0.0059 P0.5 retina TGCATATGCT (2) 5.9 0.0059 P0.5 retina ATGTGCTTCC (2) 2 0.002 P0.5 retina GTAACCAAAA (4) 2 0.002 P2.5 retina CTGCTATCCG (4) 45.8 0.0458 P2.5 retina CTGCAGCCTA (6) 21.1 0.0211 P2.5 retina AGCTTTCTTA (2) 3.5 0.0035 P2.5 retina ATGTGCTTCC (2) 3.5 0.0035 P2.5 retina CACCCACCAA (5) 3.5 0.0035 P2.5 retina GTAACCAAAA (4) 3.5 0.0035 P2.5 retina AACTTTCAAA (3) 1.8 0.0018 P2.5 retina ACAAATTATG (5) 1.8 0.0018 P2.5 retina GTGACCCTGG (9) 1.8 0.0018 P2.5 retina TCTGGAGTTA 1.8 0.0018 P2.5 retina TGCATATGCT (2) 1.8 0.0018 P4.5 retina CTGCTATCCG (4) 43.6 0.0436 P4.5 retina CTGCAGCCTA (6) 23.8 0.0238 P4.5 retina ACAAATTATG (5) 7.9 0.0079 P4.5 retina AACTTCAAAA (2) 2 0.002 P4.5 retina AACTTTCAAA (3) 2 0.002 P4.5 retina ATGTGCTTCC (2) 2 0.002 P4.5 retina CACCCACCAA (5) 2 0.002 P4.5 retina GTAACCAAAA (4) 2 0.002 P6.5 retina CTGCTATCCG (4) 41.7 0.0417 P6.5 retina CTGCAGCCTA (6) 20 0.02 P6.5 retina ACAAATTATG (5) 8.3 0.0083 P6.5 retina TGCATATGCT (2) 3.3 0.0033 P6.5 retina AACTTTCAAA (3) 1.7 0.0017 P6.5 retina CACCCACCAA (5) 1.7 0.0017 P6.5 retina GTAATAAATG (4) 1.7 0.0017 P10.5 crx- retina CTGCTATCCG (4) 48.3 0.0483 P10.5 crx- retina CTGCAGCCTA (6) 20.4 0.0204 P10.5 crx- retina ACAAATTATG (5) 7.4 0.0074 P10.5 crx- retina AACTTTCAAA (3) 3.7 0.0037 P10.5 crx- retina ATGTGCTTCC (2) 1.9 0.0019 P10.5 crx- retina TGCATATGCT (2) 1.9 0.0019 P10.5 crx+ retina CTGCAGCCTA (6) 26.9 0.0269 P10.5 crx+ retina CTGCTATCCG (4) 23.1 0.0231 P10.5 crx+ retina ACAAATTATG (5) 7.7 0.0077 P10.5 crx+ retina CACCCACCAA (5) 7.7 0.0077 P10.5 crx+ retina TGCATATGCT (2) 7.7 0.0077 P10.5 crx+ retina AACTTCAAAA (2) 1.9 0.0019 P10.5 crx+ retina AGAAGAAGCC (2) 1.9 0.0019 P10.5 crx+ retina ATGGAGGAGA (5) 1.9 0.0019 P10.5 crx+ retina TTCCACACTC (3) 1.9 0.0019 P10.5 crx+ retina TTGCTATCCG 1.9 0.0019 Adult retinal CTGCTATCCG (4) 29.6 0.0296 Adult retinal CTGCAGCCTA (6) 13 0.013 Adult retinal ACAAATTATG (5) 5.6 0.0056 Adult retinal AACTTCAAAA (2) 1.9 0.0019 Adult retinal ATGTGCTTCC (2) 1.9 0.0019 ONL CTGCTATCCG (4) 17.2 0.0172 ONL CTGCAGCCTA (6) 11.5 0.0115 ONL ACAAATTATG (5) 5.7 0.0057 ONL GTAACCAAAA (4) 3.8 0.0038 ONL CGCTACCTAA 1.9 0.0019 ONL GTGACCCTGG (9) 1.9 0.0019 ONL TTTAAAAAAG 1.9 0.0019