Mouse Retina SAGE Library

[Home]    [Libraries]    [Images]

---

Gene:              Accession:     e.g., Rho or Rhodopsin e.g., BG297543 batch search Tag:        Cytoband (Mm):     e.g., CCCAGTTCAC e.g., 6 E3 Unigene:        Cytoband (Hs):     e.g., Mm.2965 batch search e.g., 3q21-q24

---

UniGene	Symbol	Name	Chr	Cytoband	LocusLink
Mm.262053	C76213	expressed sequence C76213	4		97124
Mm.262053	Vcp	valosin containing protein	4	4 23.0 cM	269523
Gene Ontology	ATP binding | cell growth and/or maintenance | endoplasmic reticulum | Golgi apparatus | hydrolase activity | lipid binding | nucleotide binding | nucleus | protein binding | transport
Human Homolog	VCP[valosin-containing protein]
Clusters	All Libraries - Raw DataAll Libraries - NormalizedComplete Retina - Raw DataComplete Retina - NormalizedEarly Retina - Raw DataEarly Retina - NormalizedLate Retina - Raw DataLate Retina - Normalized   Neighbors

No In Situ Hybridization images could be found.



SAGE Tags

Total 236 tags found with positive counts.

all tags     reliable tags     sum by library with all tags     sum by library with reliable tags    Library   Tag (Other Genes)   Normalized Count   % in library  P8 Cb GC CAGCGAGCTG (3) CAGGCACATC CTTTTGAGTT (3) GCCCTCTGGG GCCTATGGAC GCCTCTGCAG (2) GCCTCTGGAG (3) GCCTCTGGTG (2) GCCTGTTCCA (3) GCTTCTGGAG GGGAGTGGGG GTGGCACACA (2) TAAAATAAAA (2) TCCCGGGAAT (2) TTGTAAAAGG (3) 102.8 0.1028 Cb medulloblastoma CTTTTGAGTT (3) GCCACCACCA GCCCTCTGGG GCCTATGGAC GCCTCTGGAG (3) GCCTCTGGTG (2) GCCTGTTCCA (3) GCTTCTGGAG GGGAGTGGGG GTGATAGTTA GTGGCACACA (2) TAAAATAAAA (2) TCTACAAAAA (3) TTGTAAAAGG (3) 94.6 0.0946 P8 GC+1d culture AAGGATTTAA CAGGCACATC CGGGAAAGCA (2) CTTTTGAGTT (3) GCCTATGGAC GCCTCTGGTG (2) GCCTGTTCCA (3) GGGAGTGGGG GTGGCACACA (2) GTTTCTGGAG TAAAATAAAA (2) TCCCGGGAAT (2) TCTTTTTTTT TGCGAGCAGA TTGTAAAAGG (3) 109.3 0.1093 P8 GC+SHH+1d culture CAGCGAGCTG (3) CAGGCACATC CGGGAAAGCA (2) CTGTAAACTC (2) CTTTTGAGTT (3) GCCTCTGCAG (2) GCCTCTGGTG (2) GCCTGTTCCA (3) GGGAGTGGGG GTGGCACACA (2) GTTTCTGGAG TAAAATAAAA (2) TCCCGGGAAT (2) TGATAGTTAT (3) TGCGAGCAGA TTGTAAAAGG (3) 110.2 0.1102 3T3 fibroblasts CAGGCACATC GCCCTCTGGG GCCTCTGCAG (2) GCCTCTGGTG (2) GCCTGTTCCA (3) GTGGCACACA (2) GTGGCACATC (3) TGCGAGCAGA 80.5 0.0805 E15 cortex CAGCGAGCTG (3) CAGGCACATC CGGGAAAGCA (2) GCCTCTGGAG (3) GCCTGTTCCA (3) GTGATAGTTA GTGGCACACA (2) TTGTAAAAGG (3) 73.9 0.0739 P1 cortex CGGGAAAGCA (2) CTGTAAACTC (2) GCCTCTGGTG (2) GTGATAGTTA GTGGCACACA (2) TAAAATAAAA (2) TAACAATAAA TTGTAAAAGG (3) 63.3 0.0633 Hypothalamus CAGCGAGCTG (3) CGGGAAAGCA (2) CTTTTGAGTT (3) GCCTCTGGTG (2) GCCTGTTCCA (3) GGGAGTGGGG GGGCTCTGGG GTGGCACACA (2) TAAAATAAAA (2) TAACAATAAA TATATGCACT TCTACAAAAA (3) TGGTTGGGGA (3) TTGTAAAAGG (3) 161 0.161 E12.5 retina CTTTTGAGTT (3) GCCCTCTGGG GCCTCTGGTG (2) GCCTGTTCCA (3) GGGCTCTGGG GTGGCACACA (2) GTGGCACATC (3) TAAAATAAAA (2) TTGTAAAAGG (3) 148.5 0.1485 E14.5 retina CAGCGAGCTG (3) CGGGAAAGCA (2) CTGGCACATC (2) CTTTTGAGTT (3) GCCTCTGGTG (2) GCCTGTTCCA (3) GGGAGTGGGG GTGATAGTTA GTGGCACACA (2) TAAAATAAAA (2) TAACAATAAA TGATAGTTAT (3) TGGTTTGGGG (3) TTGTAAAAGG (3) 101.7 0.1017 E16.5 retina CAGCGAGCTG (3) CGGGAAAGCA (2) CTGGCACATC (2) CTTTTGAGTT (3) GCCTCTGCAG (2) GCCTCTGGTG (2) GCCTGTTCCA (3) GGGCTCTGGG GTGGCACACA (2) TAAAATAAAA (2) TCTACAAAAA (3) TGGTTTGGGG (3) TTGTAAAAGG (3) 83.1 0.0831 E18.5 retina CAGGCACATC CTGGCACATC (2) CTGTAAACTC (2) CTTTTGAGTT (3) GCCTCTGCAG (2) GCCTCTGGTG (2) GCCTGTTCCA (3) GTATGATGCA (2) GTGGCACACA (2) TAAAATAAAA (2) TAACAATAAA TGGTTGGGGA (3) TTGTAAAAGG (3) 110.9 0.1109 P0.5 retina CAGCGAGCTG (3) CAGGCACATC CTTTTGAGTT (3) GCCTCTGGAG (3) GCCTCTGGTG (2) GCCTGTTCCA (3) GGGAGTGGGG GTGGCACACA (2) GTTTCTGGAG TAAAATAAAA (2) TCCCGGGAAT (2) TTGTAAAAGG (3) 100.2 0.1002 P2.5 retina CGGGAAAGCA (2) CTGGCACATC (2) CTTTTGAGTT (3) GCCTCTGGTG (2) GCCTGTTCCA (3) GGGAGTGGGG GTGGCACACA (2) TAAAATAAAA (2) TATATGCACT TCTACAAAAA (3) TGGTTGGGGA (3) TTGTAAAAGG (3) 116.4 0.1164 P4.5 retina CAGGCACATC CGGGAAAGCA (2) CTGTAAACTC (2) CTTTTGAGTT (3) GCCTCTGGTG (2) GCCTGTTCCA (3) GGGAGTGGGG GTATGATGCA (2) GTGGCACACA (2) TAAAATAAAA (2) TTGTAAAAGG (3) 150.6 0.1506 P6.5 retina AAGGATTTAA CAGGCACATC CGGGAAAGCA (2) CTTTTGAGTT (3) GCCACCACCA GCCTCTGGTG (2) GCCTGTTCCA (3) GGGAGTGGGG GTGGCACACA (2) TAAAATAAAA (2) TTGTAAAAGG (3) 103.4 0.1034 P10.5 crx- retina CAGGCACATC CTTTTGAGTT (3) GCCCTCTGGG GCCTCTGGTG (2) GCCTGTTCCA (3) GGGAGTGGGG GTGGCACACA (2) TAAAATAAAA (2) TCTTTTTTTT TTGTAAAAGG (3) 98.5 0.0985 P10.5 crx+ retina CAGGCACATC CTTTTGAGTT (3) GCCTCTGGTG (2) GCCTGTTCCA (3) GGGAGTGGGG GTGGCACACA (2) TAAAATAAAA (2) TGATAGTTAT (3) TTGTAAAAGG (3) 88.3 0.0883 Adult retinal AACAGGCAGT (2) CAGGCACATC CTTTTGAGTT (3) GCCTCTGGTG (2) GCCTGTTCCA (3) GGGAGTGGGG GTATGATGCA (2) GTGATAGTTA GTGGCACACA (2) TATATGCACT TCTACAAAAA (3) TTGTAAAAGG (3) 61.6 0.0616 ONL CGGGAAAGCA (2) CTGTAAACTC (2) CTTTTGAGTT (3) GCCTCTGGTG (2) GCCTGTTCCA (3) GGGAGTGGGG GGGCTCTGGG GTGATAGTTA GTGGCACACA (2) TAAAATAAAA (2) TCTTTTTTTT TTGTAAAAGG (3) 101.5 0.1015